La Institución Educativa Eustaquio Palacios se funda en 1963 como un colegio Departamental de carácter oficial, siendo gobernador el señor Gustavo Balcazar Monzón. Recibe su nombre del celebre autor vallecaucano Eustaquio Palacios, escritor de la novela "El Alférez Real”.
Su primera sede fue en el barrio San Fernando y sus estudiantes provenían de los barrios Alameda, Bretaña, Colseguros, Junín y Siloe.
Su primer rector fue Desiderio Martínez Pineda, quien logró que el colegio fuera el primero del sector oficial en ofrecer educación mixta.
En 1967, debido a la gran cantidad de estudiantes que tenía, fue necesario buscar otra sede que se bautizó con el nombre "Eustaquito" y quedaba en la calle 7 entre carreras 6 y 8. También en este año se dio inicio a la educación nocturna en el colegio.
En 1970, el colegio se traslado a su sede actual, gracias a la gestión que hizo el gobernador para que a Univalle le asignaran los terrenos que hoy ocupa en Meléndez y a cambio ésta cediera el lote donde funciona hoy el colegio.
El colegio se construyó con la ayuda de profesores, padres de familia y estudiantes, quienes realizaron la "marcha del ladrillo" (cada uno con un ladrillo) desde la sede de San Fernando hasta llegar a la sede actual.
En 1992 se diversifica el bachillerato con la adscripción al CASD.
En 1995 la Escuela El Amparo se fusiona al colegio.
En el año 2002, se fusionan 11 centros docentes de las comunas 19, 20 y 56 rural, creándose la institución Educativa Eustaquio Palacios.
En el año 2005 se implementa el Centro Regional de Educación - CERES, con la participación de la Universidad del Valle, el Intep de Roldanillo y el SENA, donde se atiende a estudiantes de las comunas 1, 18, 19 y 20.
Actualmente la institución atiende aproximadamente 6.500 estudiantes en sus once sedes, desde preescolar hasta el grado once, en las jornadas diurna y nocturna. Cuenta con la colaboración de 160 maestros y 50 personas del área administrativa. Su Rector es el Lic. Oscar Atilio Ordóñez Pérez.